Chojun Miyagi nació en la ciudad de Naha, en Okinawa, el 25 de abril de 1888, en una familia aristocrática. Ellos trabajaban con importación y exportación, y eran propietarios de dos navíos que hacían viajes regulares a China continental, lo que los colocaba entre las familias más ricas de la región.

Comenzó su entrenamiento formal a los 11 años, en un dojo de Ryuko Aragaki. A los 14 años, fue presentado a Kanryo Higaonna, y después de un periodo de experiencia impuesto por el propio maestro Higaonna, fue aceptado como estudiante.

El entrenamiento era muy severo, con muchos ejercicios de carrera y de fuerza. Se cuenta que a veces Miyagi desmayaba al ejecutar el kata Sanchin, de tan exigente que era el maestro Higaonna en la ejecución de sus alumnos. Entrenó por 13 años de esta manera, hasta la muerte de Kanryo Higaonna, convirtiéndose en un poderoso karateka.

Maestro Miyagi entonces viajó a China, una oportunidad que se le presenta por la naturaleza de los negocios de su familia, cuya riqueza le permitía darse al lujo de dedicarse a su arte a tiempo completo. Su búsqueda era para localizar el maestro Ryuko, con quién Higaonna había estudiado.

Fue incapaz de localizarlo, pero consiguió aprender algo de las artes locales de la región de Fukien, en China, en especial el kata Rokkishu, el cual lo ayudó en la creación del kata Tensho.

Continuó entrenando por los métodos aprendidos con el maestro Higaonna, siempre bajo condiciones rigurosas y exigentes. Él no limitaba su entrenamiento al dojo. Cada momento en que estaba despierto (y mientras dormía, tal vez) era dedicado a su arte, siempre alerta, siempre preparado para defenderse de cualquier fuerza, a cualquier momento.

En 1921, fue escogido para representar el Naha-te en una presentación para la visita del príncipe heredero Hirohito (que eventualmente se convertiría en Emperador), y realizó una ejecución impresionante. Comenzó a visualizar el futuro de las artes marciales de Okinawa, y en 1926, a los 38 años, fundó el "Club de Investigaciones sobre Karate”, en compañía de Chomo Hanashiro (Shuri-te), Kenwa Mabuni (Shito Ryu) y Motobu Choyo, dedicando sus tres próximos años en entrenamientos de kihon, kata, condicionamento físico y filosofía. En 1929, fue invitado para ir a Japón por Gogen Yamaguchi, quien podría promover el Goju Ryu en Japón.

Jigoro Kano (el fundador del Judo) visitó Okinawa en 1927, y quedó tan impresionado con el maestro Miyagi, que lo invitó a ir a Japón en 1930 y 1932, para hacer demostraciones en varios torneos. Fue en uno de ese torneos que uno de sus estudiantes avanzados, Jin'an Shinzato, le preguntó a que escuela de Karate pertenecía. Incapaz de responder (en aquella época los estilos eran conocidos solamente por su localización geográfica), se dirigió al maestro Miyagi, quien concordó que un nombre debería ser escogido para su estilo único.

Hay un texto chino llamado Bubishi, una referencia histórica muy popular entre los karatekas de la época, y en él hay ocho poemas. El tercer precepto dice: "El modo de inspirar y expirar es rígido y flexible". "Go" significa rígido y "Ju" significa flexible. Basado en el hecho de que su estilo era la combinación de esos ideales, pasó a referirse a su arte como Goju Ryu, y en 1933 fue oficialmente registrado como tal en el Butoku-Kai, la Asociación Japonesa de Artes Marciales. El mismo año, presentó su artículo "Un perfil del Karate-Do".

El año siguiente, el maestro Miyagi fue asignado como director de la filial de la Butoku-Kai en Okinawa, y viajó a Hawaii a finales del mismo año para introducir el Karate allí. Después de su retorno a Naha, fue premiado con una comenda del Ministerio de la Educación por su notable trabajo en servicio del campo de la Educación Física.